Епархия образована 5 октября 2011 года решением Священного Синода путём выделения из состава Иркутской епархии. Правящему архиерею Синод постановил иметь титул Саянский и Нижнеудинский. 5 октября 2011 года Священный Синод постановил включить Саянскую епархию в состав новоучреждённой Иркутской митрополии. 2 октября 2013 года во время заседания Священного Синода настоятель Свято-Троицкого кафедрального собора г. Магадана игумен Алексий (Муляр) был избран епископом Саянским и Нижнеудинским.