Какой КПП писать в счете-фактуре при реализации обособленным подразделением?

КПП обособленного подразделения при реализации товара, КПП юр. лица при реализации услуг.

Поскольку в НК и в 1137 нет указаний, какое КПП указывать, то не противоречащим законодательству является указание любого КПП. Но удобнее и практичнее всегда указывать КПП организации. Тем более, что даже если налоговый орган сочтёт это ошибкой, то это будет ошибка, не препятствующая идентификации налогоплательщика и не влекущая отказ в вычете НДС.