Нельзя делать все ВУЗы ведомственными, но исключения могут быть.

Педагогические вузы, как и предлагала ЛДПР, передали Минпросвещения, это родственное Минобрнауки ведомство. Педвузы готовят специалистов для Минпросвещения — учителей, педагогов, преподавателей.
Большинство других вузов — классические университеты, с огромным количеством направлений подготовки, поэтому нельзя их передать какому-то одному ведомству, это может привести к сужению специализации вузов, снижению финансирования. Это чревато дефицитом мест и ростом цены обучения.
Отраслевые вузы могут быть, они готовят узких специалистов только по одному направлению. Эти случаи нужно рассматривать индивидуально, здесь ведомства должны по согласованию с Минобрнауки решать, передавать вуз или нет. А какие-то общие для всех решения смотрятся неуклюже.