Джон Филпот был сожжён на костре 18 декабря 1555 года.

В ночь перед казнью он с радостью сказал: «Я готов: дай Бог мне сил и радостного воскресения!».
Когда в 1553 году на английский престол взошла королева Мария Тюдор, большинство протестантских пасторов бежали, потому что знали, что королева будет их преследовать. Но пастор Джон Филпот остался в стране и продолжил служение. Вскоре его арестовали и продержали в тюрьме 18 месяцев, после чего он принял мученическую смерть.