Основное отличие Flatpak от Snap в том, что Snap использует компоненты окружения основной системы и изоляцию на основе фильтрации системных вызовов, в то время как Flatpak создаёт отдельный от системы контейнер и оперирует крупными runtime-наборами, предоставляя в качестве зависимостей не пакеты, а типовые системные окружения (например, все библиотеки, необходимые для работы программ GNOME или KDE). С особенностями Flatpak можно познакомиться в тексте анонса первого выпуска.
Здесь все написано.