При запросе документов в ходе проверки вы можете их предоставить одним файлом обмена, причем включить в него как документы по установленным форматам в виде xml-файла, так и документы по установленным форматам в виде скан-образа.

Ограничений на этот счет не установлено. А вот все иные документы, составленные в электронной форме по не установленным ФНС России форматам, нужно распечатать и подать в налоговую инспекцию на бумаге в виде заверенных копий. Объединение таких документов с документами установленного формата в составе одного файла для целей их передачи по ТКС не предусмотрено.