Перед переходом к конвертированию следует отметить, что файл формата ePUB сразу после обработки рекомендуется открыть на компьютере, чтобы проверить его работоспособность и корректность отображения кодировки.

Если вы еще не установили подходящий для этого софт, ознакомьтесь с представленным по следующей ссылке руководством, чтобы сделать это.
Подробнее: Открываем документ ePUB