Гребнистый крокодил может жить в солёной воде, но, как правило, обитает в мангровых болотах, дельтах, лагунах и в нижнем течении рек.

Он распространён гораздо шире, чем любой другой современный вид крокодилов: его ареал начинается от восточного побережья Индии, проходя на юг через территории большинства государств Юго-Восточной Азии, вплоть до Северной Австралии.