Команда была основана в 1931 году при судоремонтном заводе имени Сталина. Домашние матчи проводит на одноименном городском стадионе. Команда изначально называлась «Команда судостроительного завода имени Сталина», в 1958 году убрала из своего названия фамилию Сталина. В 1965 году сменила название на «команда Астраханского морского судостроительного завода». В 1976 году стала называться «Судостроитель». С 2008 — ФК «Астрахань».
Команда 13 раз становилась чемпионом города, 20 раз выигрывала кубок города.
В профессиональном статусе клуб выступал с 2000 года. Первый сезон во втором дивизионе клуб закончил на 11 месте, лучшим бомбардиром команды в этом сезоне стал А. Бочарников, забивший 17 мяче