Музей открыт 9 мая 1965 г. как народный, в 1971 г. стал филиалом Ставропольского краеведческого музея, в 1998 г. получил статус самостоятельного муниципального музея, с 2005 г. передан в краевую собственность. Располагается в зданиях Кисловодской крепости - памятнике истории и архитектуры федерального значения, с которой начинался курорт Кисловодск.