Фёдор Конь известен как строитель следующих крепостных сооружений и храмов:

Борисов городок в с. Борисово;
П. А. Раппопорт высказал предположение, что строителем Борисоглебской церкви у Борисова городка так же являлся Фёдор Конь[3], но по данным более современных исследований церковь была построена в 1585—1586 годах еще во времена существования деревянных укреплений, до строительства каменной крепости, и ни по своим архитектурным формам, ни по времени строительства не могла быть построена Фёдором Конём;
каменных стен и башен Белого города Москвы (1585—1593; по линии нынешних бульваров);
мощных городских стен Смоленска (1596—1602);
ансамбля Болдинского монастыря под Дорогобужем (согласно гипотезе П. Д. Барановского).
Троицкая церковь в Вяземах со звонницей (1585—1586).
Постройки Фёдора Коня отличались высокой техникой строительства, продуманностью конструкций, большим архитектурным мастерством.
Их стилистические особенности демонстрируют влияние итальянского ренессанса.