До превращения балалайки в концертный инструмент в конце XIX века Василием Андреевым она не имела постоянного, повсеместно распространённого строя.

Каждый исполнитель настраивал инструмент сообразно своей манере исполнения, общему настроению играемых произведений и местным традициям.
Введённый Андреевым строй (две струны в унисон — нота «ми», одна — на кварту выше — нота «ля» (и «ми», и «ля» первой октавы)) получил широкое распространение у концертирующих балалаечников и стал называться «академическим». Существует также «народный» строй — первая струна Соль, вторая — Ми, третья — До (по мажорному трезвучию До). При этом строе проще берутся трезвучия, однако недостатком его является затруднённость игры по открытым струнам. Помимо указанного, существуют и региональные традиции настройки инструмента. Число редких местных настроек достигает двух десятков