Так называют «маленький твердый защитный покров некоторых беспозвоночных животных (обычно в виде витой или овальной створчатой коробки)».

То есть маленькую раковину. А слово «раковина» прежде всего означает «твердый защитный покров некоторых беспозвоночных животных». И только потом это наименование различных предметов, напоминающих внешним видом раковину. Например, ку́хонная или ушная раковина.
Этимологически восходит к праславянской основе *rаkу и *rakъvь (ящик, ларь, ларец, ковчег). А первоисточником могло быть латинское либо готское arca — ящик, сундук, ларец, гроб. От той же основы, вероятнее всего, произошло слово «рака», означающее «гробница».
Есть версия, что существительное «раковина» известно в русском с XVI в., но со значением «перламутр» (внутренний слой раковины моллюска). А «ракушка» — с XVIII в.
#Ударение в слове «ракушка» падает на букву «У».
ракУ́шка
Произношение «рАкушка» отмечается в орфоэпических словарях как дополнительное и устаревающее. Именно так говорили, когда слово только появилось в русском языке. Потом ударение сместилось на второй слог.
А как привыкли говорить вы?