В основу проекта лег одноименный роман журналиста Дмитрия Глуховского, рассказывающего о жизни людей в московском метрополитене, через 20 лет, после атомной войны. Игра не является дословным изложением книги: некоторые главы вычеркнуты, судьбы некоторых персонажей изменены; что-то разработчики добавили от себя. Спустя два десятка лет, после катастрофы все станции стали маленькими государствами, со своими порядками и законами. На них ютятся бродяги, просящие милостыню, торговцы, продающие оружие и патроны по весьма умеренным ценам, и простые люди, которые рассказывают интересные истории и леденящие душу легенды о московском метрополитене. На прилавках лежат метательные ножи, автоматы Кала