Основано село в 1659 году красноярским казаком Кононом Севостьяновым. В течение 240 лет деревня не росла и состояла не более чем из 20 дворов. В 1900 году прибыли переселенцы из Могилевской губернии и раскорчевали площади под посев. В 1929 году почти все семьи вступили в колхоз «Герой труда». В 1935—1936 в Кононово в протоке Енисея прошла первая стоянка судов, а затем руководство «Енисей золото» сделало вывод, что наиболее удобным пунктом для стоянки судов является Кононовская протока. Так была основана Кононовская ремонтно-эксплуатационная база флота, прекратившая своё существование в 1998 году.