Казенная деревня Малые Ясырки образовалась севернее села Большие Ясырки в первой половине XIX века.

Она располагалась по левую сторону большой проселочной Тамбовской дороги от границы Бобровского уезда с Усманским и административно входила в состав 2-го стана Бобровского уезда Воронежской губернии. В 1859 году, здесь было 52 двора и 559 жителей.
В период образования волостей Малые Ясырки, уже в статусе села, вошли в состав Садовской волости Бобровского уезда. Архиепископ Дмитрий (Самбикин) в документах середины 1880-х годов отмечал: "Церковь в селе Малых Ясырках, Бобровского уезда, деревянная, построена в 1866 г. Земли 33 десятин. Один причт. Два подцерковных дома деревянные. Денежный оклад 420 рублей".
К началу XX века, согласно сведениям 1900 года, в селе насчитывалось 107 дворов и 874 жителя. По документам духовенства Воронежской епархии за 1900 год в штате церкви числились: священник (Дубянский Николай Иванович) и псаломщик (Попов Василий Петрович).
Революционные события в этих краях начались с того, что в июне 1906 года поднявшие бунт крестьяне разграбили и сожгли имение и конный завод графа Орлова в селе Пады, разгромили казённую винную лавку в селе Борщёво и несколько хуторов и имений (Нагибина, Шилова, Лапшиных, Савенковых, Брехова, Тенькова, Сосновских, Петрова).
В период административно-территориальной реформы 1923-1928 годов, когда уездно-волостное деление было заменено районным, село, как и вся Садовская волость, непродолжительное время входило в состав Усманского уезда. С июля 1928 года село с населением 1082 человека (231 двор) в составе вновь образованного Щученского района.
Начавшийся в 30-х годах процесс объединения единоличных крестьянских хозяйств привел к образованию колхозов, в числе которых был и колхоз "Искра" в селе Малые Ясырки. Вовлечение крестьян в колхозы сопровождалось борьбой советской власти с зажиточным крестьянством. В годы сталинских репрессий около 40 жителей села были осуждены как кулаки и выселены на север. Также в эти годы прекратились службы в храме. Храм ни в период коллективизации, ни в годы войны не был разрушен, правда, до 1945 года он использовался как колхозное зернохранилище.
С трудом пережив военное лихолетье сельская жизнь стала перестраиваться на мирный лад. В послевоенные годы здесь возле храма появились клуб и магазин товаров повседневного спроса. В апреле 1962 года Щученский район был упразднен, а районный центр село Щучье с большей частью населенных пунктов, включая и село Малые Ясырки, отошли к Эртильскому району.
Распад Советского Союза, переход к капиталистической форме ведения хозяйства, сопровождавшийся приватизацией жилья и госпредприятий, преобразованием совхозов и колхозов в акционерные общества и товарищества больно ударил по сельской глубинке. Колхоз "Искра", после ряда трансформаций, прекратил свою деятельность в 2007 году. Население катастрофически сокращалось от года к году. Закрылись клуб, магазин, ФАП (здание клуба сегодня полуразрушено, а магазин с ФАПом целы и стоят запертыми на замок, словно дожидаясь своего второго рождения).
В сентябре 2014 года к селу был подведен природный газ (к 2020 году в населенном пункте было газифицировано всего 2 домовладения).
Главной достопримечательностью села является действующая церковь Михаила Архангела. Это деревянный храм, что для средней полосы России сравнительно редкое явление. Его двухъярусная колокольня 20-метровой высоты имеет шатровую крышу.