Пищевая микробиология — это изучение микроорганизмов, которые ингибируют, создают или загрязняют пищу.

Бактерии являются наиболее важными микроорганизмами для пищи. Большинство из них безвредны, многие очень полезны, некоторые указывают на вероятное присутствие грязи, болезнетворных организмов, порчи, а некоторые вызывают болезни. Существуют тысячи видов бактерий, чтобы их выделить из образца используются различные методики определения, а чтобы увидеть, нужен микроскоп с увеличением примерно в 1000 раз. Многие патогены способны расти и выживать в различных условиях, где он может загрязнять пищу и размножаться до количества, достаточного для того, чтобы вызвать заболевание.
Микробиологический контроль используется для качественной оценки надежности и безопасности продуктов, а также определения наличия микробов.
• санитарно-показателъные, к которым относятся мезофильные аэробные и факультативно-анаэробные микроорганизмы - МАФАМ и бактерии группы кишечных палочек - БГКП (коли-формы);
• условно-патогенные микроорганизмы, к которым относятся E. сoll, S. aureus, бактерии рода Proteus, В. cereus и сульфитредуцируюшие клостридии; патогенные микроорганизмы, в том числе сальмонеллы;
• микроорганизмы порчи — в основном это дрожжи и плесневые грибы.