Учитывая негативные изменения в состоянии окружающей среды и с целью обеспечения экологической безопасности и благоприятной среды проживания для жителей города, сохранения опыта осуществления контроля в области охраны окружающей среды, решением Горсовета от 22 сентября 1992 года № 139, распоряжением Администрации города от 25 сентября 1992 года № 510к на базе отдела был организован Междуреченский городской комитет экологии и природных ресурсов. По инициативе Администрации города, распоряжением Администрации города от 12.10.1998 № 686к, решением Горсовета от 5 ноября 1998 года № 122 было создано Муниципальное учреждение «Междуреченский комитет по охране окружающей среды и природопользованию».