«Музей Новосибирска» имеет 10 отделов в восьми районах города. Деятельность музея направлена на работу с посетителями как в стенах музея, так и за их пределами. Сотрудники музея создают постоянные уличные выставки на шести площадках, открывают 10 выставок в метрополитене ежегодно. Проводят круглогодичные экскурсии по городу: 34 пеших, речных и «теплых» зимних маршрута. Участвуют в восстановлении объектов культурного наследия. Проводят масштабные городские акции, такие как «Ночь музеев», «Свеча памяти», квест «Музей для всей семьи». Вносят информацию в фонд «Мемориал Славы новосибирцев». Встречаются со старожилами города и знаменитыми новосибирцами, чтобы записать их воспоминания.