Впервые краевой закон «О Контрольно-счетной палате Краснодарского края» был принят депутатами 28 января 1997 года. Губернатором Краснодарского края Николаем Игнатовичем Кондратенко он был подписан 6 февраля, а 18 февраля вступил в законную силу. Этот день и стал отправной точкой – Днем образования Палаты. На должность председателя Контрольно-счетной палаты Краснодарского края депутатами был назначен Николай Ильич Панченко. В марте 2013 года на сессии Законодательного Собрания Краснодарского края на должность председателя Контрольно-счетной палаты Краснодарского края был назначен Юрий Александрович Агафонов.