Идея открытия станции юных натуралистов (в последствии эколого-биологический центр) возникла в 70-е годы прошлого века. 1 февраля 1989 года был издан приказ РОНО об открытии в Темрюкском районе станции юных натуралистов. Первым директором была Безлепкина Ольга Борисовна. В 1998 году СЮН переехала в собственное 2-х этажное здание. Были разработаны основные направления работы станции, заложены традиции, привлечены лучшие педагоги Темрюкского района. В начале 2021 года станция юных натуралистов была переименована в эколого-биологический центр.