Федеральное государственное бюджетное учреждение «Администрация морских портов Охотского моря и Татарского пролива» создано в соответствии с Федеральным законом Российской Федерации от 08.11.2007 № 261-ФЗ «О морских портах в Российской Федерации и о внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации», приказом Минтранса России от 27.06.2014 № 169 и является правопреемником Федерального государственного учреждения «Администрация морского порта Ванино» и Федерального государственного учреждения «Администрация морского порта Магадан».