Органы местного самоуправления Харбатовское муниципальное образование расположено в южной части Качугского района Иркутской области. На юго-востоке муниципальное образование граничит с Манзурским сельском поселением, на юго-западе с Баяндаевским районом, на западе и северо-западе с Качугским сельским поселением, на северо-востоке с Бирюльским сельским поселением Качугского района. Расстояние до областного центра примерно 227 км, до районного центра - 30 км. Населенные пункты муниципального образования расположены на берегах р. Манзурка.