Школа была построена и открыта 8 декабря 1961 года, как неполная средняя школа (восьмилетка) с численностью учащихся 230 человек. Школа расположена на земле Икрянинского района, но изначально административно относилась к Трусовскому районному отделу управления образования администрации города Астрахань. В 1999 году школа утверждена как муниципальное общеобразовательное учреждение "Основная общеобразовательная школа № 16".