Средиземноморский налим имеет коричневую окраску с многочисленными неправильной формы пятнами.

У мальков спина голубая, бока и брюхо серебристые, а летом, когда мальки переходят к донному образу жизни, они меняют окраску на коричневую. На подбородке налима один непарный усик (составляющий 20—30 % длины головы) и пара усиков на верхней челюсти.