БНЦ СО РАН территориально объединяет институты СО РАН: Институт монголоведения, буддологии, тибетологии СО РАН; Институт общей и экспериментальной биологии СО РАН; Байкальский институт природопользования СО РАН; Геологический институт СО РАН; Институт физического материаловедения СО РАН.