Для всеобщего обозрения музей был открыт 14 ноября 1987 года. Для музея было выделено помещение в здании районного отдела культуры. Его директором был назначен ветеран Великой Отечественной войны Федор Емельянович Дохленко. В соответствии с Постановлением администрации муниципального района «Чернянский район» Белгородской области №762 от 25 сентября 2012 года музею было передано здание, являющееся памятником архитектуры регионального значения XIX века. С 2013 года в нём велись ремонтно-реставрационные работы. А уже 25 декабря 2015 года Чернянский районный краеведческий музей открыл свои двери для посетителей в новом историческом здании – Доме купца второй гильдии Найденко Давида Петровича.