Вместе со всей страной Ботанический сад переносил тяготы войны.

Штат уменьшился: часть сотрудников была сокращена, четверо были призваны в ряды РККА. Работа оставшихся сотрудников была направлена на помощь фронту и укрепление тыла.
Была организована дружина ПВО, собирались деньги и теплые вещи для фронта, в подшефном госпитале были устроены цветники, в парниках выращивалась овощная рассада для населения. Сотрудники участвовали в уборке урожая, городских дровозаготовках, окопных работах.
На территории сада были вырыты четыре щели на 420 человек для укрытия от воздушных налетов противника, а склон сада изрыт небольшими укрытиями жителей соседних улиц. Для этого использовалась изгородь, окружавшая сад.
В ботаническом саду были устроены два командных пункта ПВО, при сооружении которых были вырублены и повреждены ценные растения.
Не хватало дров для отопления оранжереи и рабочих помещений. Единственную лошадь сада постоянно использовали для общественных работ. Не хватало рабочих рук.
Но, несмотря на трудности, в саду не прекращалась научная работа, продолжался обмен семенами по каталогам, сбор гербарного материала, проводились экскурсии, беседы, лекции.
Фото:
1.А.В. Кузнецов - директор Ботанического сада в 1931-1943 гг. (Фото из архива Кузнецовых).
2.Б. П. Сацердотов в оранжерее ботанического сада. (Фото из архива Пензенского ботанического сада)
3.Исаева Е.П. – директор Пензенского ботанического сада в 1944 – 1948 гг. (Фото из архива Пензенского ботанического сада)
4.Всходы Biota orientales Endl. (Фото из архива Пензенского ботанического сада)
5.Общее отделение оранжереи. (Фото из архива Пензенского ботанического сада)
6.Посевы семян. (Фото из архива Пензенского ботанического сада)